Panorama des ressources (bases de données, outils) bioinformatiques pour l'analyse des données à haut débit. Dans ce module, différents intervenants présenteront séparément les méthodes spécifiques à chaque type de données (génomes, transcriptomes, protéomes, états chromatiniens, métabolome, ...). 
Les travaux pratiques consisteront à appliquer ces méthodes à des jeux de données qui auront été présentés dans le cours de technologies à haut débit, afin d'extraire l'information pertinente à partir des données brutes, de les synthétiser, de produire des représentations graphiques, et d'interpréter les résultats de chaque technologie.

Panorama des technologies à haut débit mobilisées pour produire les données en biologie intégrative, et de ressources bioinformatiques permettant d'accéder aux données publiques. 
Les exemples seront choisis pour couvrir une diversité de types de données (génomes, transcriptomes, interactomes, voies métaboliques, ...), d'applications (santé, environnement, agriculture, biologie fondamentale) et de groupes taxonomiques. 
Les CM seront prodigués par des conférenciers spécialisées dans ces technologies respectives. 
Les travaux pratiques consisteront à interroger les différentes bases de données pour en extraire les données brutes et métadonnées qui feront l'objets d'analyses intégratives.

Initiation au langage R dans l'environnement RStudio, la collecte et la manipulation de données multidimensionnelles (tables) et de réseaux biologiques. 
Les travaux pratiques seront basés sur l'analyse et la représentation de données réelles issues d'approches à haut débit (génomique, protéomique, métabolomique, ...).

Bases de programmations avec le langage Python et utilisation de librairies scientifiques et graphiques. 
Les travaux pratiques seront basés sur l'extraction d'information à partir de fichiers en différents formats et sur l'intégration de données de natures diverses (gènes, protéines, réactions) extraites de bases de données publiques. 
Le cours inclura également une présentation des principes généraux de science reproductible avec FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reproducible).

Maîtrise de l'environnement Unix, des ressources de calcul de type cluster, gestion d'un projet (organisation des fichiers, scripts shell, gestion des versions et partage de code). 
Notions de virtualisation (machines virtuelles, docker, conda). 
Introduction aux gestionnaires de workflows. 
Utilisation des ressources de l'IFB (calcul, stockage, environnement logiciel).

Lettres Entrants :  

Jacques David EBGUY :  jdebguy@club-internet.fr

Lettres Sortants  : 

Maxime PIERRE :  pierre.paris7@yahoo.fr

Cinéma Entrants et Sortants : 

Pierre Olivier TOULZA :  pierretoulza@gmail.com

Permanence sur rendez vous : Vendredi 12h – 13h, Salle 693CC, 6e étage, Grands Moulins

Ressources

Campus France 

Vade-Mecum du Programme

Modalités du Programme

Contacts à l'Université Paris Diderot

Doctorat: Willy SAINT-PRIX , Karolina GARNCZAREK

Vous devez être obligatoirement préselectionné.e par la formation de votre choix au plus tard la semaine du 19 novembre, 2018. Si vous etes préselectionné.e, vous pourrez remplir un dossier de candidature à la Bourse Eiffel.   Le BRI a fixé la date limite de réception des dossiers de candidature au 9 décembre 2018 à minuit.  Aucun dossier ne sera accepté après cette date.

Au niveau Master, le candidat compose son dossier Eiffel avec le responsable de formation.  Le BRI s'occupe de la vérification et de l'envoi des dossiers à Campus France pour le processus de sélection finale. 

Au niveau Doctorat, le candidat compose leur dossier Eiffel avec la composante, et l'envoie au Service de la Formation Doctorale pour vérification et finalisation.  Le BRI envoie l'ensemble des dossiers à Campus France pour le processus de sélection finale.

Au niveau Master, le Bureau des Relations Internationales (BRI) de Paris Diderot est votre interlocuteur pour la Bourse Eiffel.  Par l'intermédiare du BRI, vous êtes mis.e en contact avec le/la responsable de la formation qui vous intéresse.  Le/la responsable de la formation effectue une présélection des candidats de niveau Master. 

Vous devez d'abord être présélectionné.e par le/la responsable de la formation de votre choix avant de pouvoir déposer votre dossier de candidature à la Bourse Eiffel. L'Université aura l'obligation d'inscrire les candidats qui auront obtenu la Bourse Eiffel.  

Au niveau Doctorat, vous contactez directement le responsable du Service de la Formation Doctorale en premier lieu et lui envoyez votre dossier (CV/lettre de motivation).  Vous êtes présélectionné.e par le/la responsable de la formation concernée.  Les candidatures de doctorat en cotutelle seront étudiées avec attention. 

Vous devez d'abord être présélectionné.e par le/la responsable de la formation de votre choix avant de pouvoir déposer votre dossier de candidature à la Bourse Eiffel. L'Université aura l'obligation d'inscrire les candidats qui auront obtenu la Bourse Eiffel.